Kindralmajor Soots sündis 1880. aastal Helme vallas Linna küla lähedal olevas Küti talus. Tema vanemad olid talupidajad, kes suutsid üles kasvatada viis poega ja kolm tütart.
Jaan Soots lõpetas Helme valla- ja kihelkonnakooli ning asus siis oma haridusteed jätkama Riia Õpetajate seminari. Koolmeistrit temast aga ei saanud. Sest 1900. aastal astus ta vabatahtlikuna tsaariarmeesse.
Aastatel 1902-1905 õppis tulevane kindral Soots Vilno (Vilniuse) sõjakoolis. Selle lõpetas ta nooremleitnandi auastmega. 1913. aastal lõpetas ohvitser Jaan Soots Nikolai Kindralstaabi Akadeemia. Teenistust jätkas ta Saraatovis rooduülemana. Olulisks kujunes Sootsi tutvus Soome kuulsa väejuhi Mannerheimiga, kes kutsus ta oma ratsadiviisi staabiülemaks.
1917. aastal tuli Jaan Soots Eestisse. Detsembris 1917 määrati ta I Eesti jalaväediviisi staabiülemaks. Johan Laidoneri ametisse asumiseni viiendal jaanuaril 1918 ka ajutiseks diviisiülemaks. 24. veebruaril 1919 määrati Jaan Soots Eesti sõjaväe ülemjuhataja staabiülemaks. Sootsi suurimaks panuseks oli osaleda delegatsiooni liikmena Eesti Vabariigi ja Nõukogude Venemaa vahelistel rahuläbirääkimistel.
Teenete eest Eesti Vabadussõjas autasustati Jaan Sootsi Vabadusristi, rahalise autasu ning 92. hektarilise maaga Viljandi lähistel Karula mõisa südames. Aga Eesti ja välisriikide ordeneid ning medaleid jagus telle veel ridamisi. 25. märtsist 1920. pühendus Jaan Soots poliitikale. Ta töötas Eesti Vabariigi sõjaministri, sõjanõukogu liikme, Riigikogu liikme, Tallinna linnapea jt ametikohtadel.
1940. aastal ajasid okupantide käsilased Jaan Sootsi oma kodutalust välja, arreteerid ta ja saatsid Venemaale Solikamski vangilaagrisse, kus ta kuuendal veebruaril 1942 suri.
Kuulsa kindrali teeneid võitluses Eesti maa ja rahva vabaduse eest ei unustada.