Küberkaitseüksuse vastutusala ei ole seotud Eesti haldusjaotusega nagu see on ülejäänud Kaitseliidu malevatel. Tegutsetakse Eesti riigi üleselt, jaotatuna regionaalsetesse allüksustesse. Üksus allub otse Kaitseliidu ülemale.
Paljud Küberkaitseüksuse liikmed, kes igapäevaselt elavad ja töötavad välismaal, osalevad üksuse tegevuses virtuaalselt läbi küberruumi. See annab võimaluse osaleda Eesti riigi kaitses ka neil vabatahtlikel, kes ei ole füüsiliselt Eestis kohapeal.